内置工作流
内置工作流（Native Workflows）是平台预置的多步分析流程：一次提交，平台自动按顺序执行 QC、比对、定量、差异、富集等阶段，中间文件自动传递，产物按阶段归档。
当前目录口径包含 7 个前端工作流/报告入口，均已直接验证；其中下面 5 条是标准化的原生多步工作流，另外两个入口分别服务于 GWAS 表单与报告交付。
工作流和普通工具的区别
| 维度 | 普通工具 | 内置工作流 |
|---|---|---|
| 步骤数 | 单步（如一次 DESeq2 差异分析） | 多步链路（QC → 比对 → … → 富集） |
| 输入 | 你为每一步准备输入文件 | 一次给出原始数据 + 样本设计，中间文件自动衔接 |
| 提交形态 | 1 个任务 | 1 条任务链（父任务 + 阶段子任务） |
| 适合 | 灵活组合、只补跑某一步 | 标准化端到端分析 |
两者在工具目录里并列出现：需要精细控制某一步就用普通工具，要端到端跑完标准流程就用内置工作流。
7 个前端直接验证入口与提交规则
| 工作流 | 覆盖阶段 | 提交方式 |
|---|---|---|
| RNA-seq | QC → 去接头 → 比对 → 定量 → 差异 → 富集 | 工具目录直接提交（已验证） |
| ATAC-seq | QC → 比对 → 过滤 → MACS3 peak calling（可选 IDR 一致性 / 差分） | 工具目录直接提交（已验证） |
| ChIP-seq | QC → 比对 → peak calling → 信号可视化 / peak 注释 / motif / GO-KEGG（可选开关） | 工具目录直接提交（已验证） |
| scRNA-seq | 定量 → Scanpy QC 过滤 → 高变基因 → 降维 → 聚类 | 工具目录直接提交（已验证） |
| GWAS | 意图审查 → QC（缺失率 / MAF） → 亲缘关系 + PCA → 五模型关联（GEMMA + rMVP） → SnpEff 注释 → CMplot 绘图 → HTML 报告 + 交付 ZIP | 前端一页式表单提交 |
直提工作流展开为任务链，每阶段是一个子任务，有独立状态与日志；GWAS 走前端专用的一页式表单：一次填写、通过意图审查确认后同样生成整条任务链（体验见 GWAS 全链路）。
RNA-seq 端到端走查
1. 输入准备
- FASTQ 文件：每个样本一个（或一对）FASTQ，先上传到「文件管理」；
- 样本元数据表：样本名、分组信息（如对照组 / 处理组），列名与样本名对应。
2. 填写表单
在工具目录打开「RNA-seq 工作流」，按表单填写：
| 表单项 | 填什么 |
|---|---|
| 样本 FASTQ | 从已上传文件中逐个选中 |
| 参考基因组 | 选择物种参考（内置玉米 B73 等版本化参考，或自定义 FASTA + GTF） |
| 样本分组 / 比较 | 指定分组列与对照组 vs 处理组的比较方向 |
| 显著性阈值 | padj（默认 0.05）与 log2FC（默认 1.0） |
| 测序参数 | 文库类型 / 链特异性（默认 directional PE）、线程数 |
3. 提交与观察任务链
点击提交后，「任务」页出现一条任务链，阶段依次执行：
QC (FastQC/MultiQC) → 去接头 (fastp/Trimmomatic) → 比对 (HISAT2/STAR)
→ 定量 (featureCounts/Salmon) → 差异 (DESeq2) → 富集 (GO/KEGG)
每个阶段可以点开看实时日志；前一阶段的输出自动作为下一阶段的输入。
4. 结果下载与报告
任务链完成后，在产物清单中按阶段下载：
- QC 报告（MultiQC 汇总页）；
- 比对与定量统计表、表达矩阵；
- 差异基因表（CSV，含 padj / log2FC）；
- 火山图、MA 图等可视化图片；
- GO / KEGG 富集表与气泡图、条形图；
- 自包含 HTML 分析报告：单文件汇总全链路指标与图形，浏览器直接打开（见下文「报告与交付」）。
报告与交付
标准化工作流不止产出散装文件，而是统一以”报告 + 交付包”收尾（RNA-seq / ChIP-seq / GWAS 等通用）：
- 自包含 HTML 报告：单文件、浏览器直接打开，汇总各阶段 QC 指标、统计表与出版级图形，适合存档与直接分享；
- 出版级图形：火山图、曼哈顿图、QQ 图、富集图等按出版规格输出（矢量与高分辨率位图）；
- 项目交付 ZIP：全部分析产物、日志与中间文件统一打包，解压即用，便于归档与交接。
失败重跑与日志查看
- 定位阶段：任务链会标明失败发生在哪个阶段（如比对阶段退出码非 0）；
- 查看日志：点开该阶段子任务的实时日志 / 错误日志，常见原因是 FASTQ 路径选错、参考版本与注释不匹配、阈值格式不对；
- 重跑方式：
- 修正参数后重新提交整条工作流；
- 或只重跑受影响的下游步骤：链路各阶段对应的单步工具（fastqc、hisat2、deseq2、富集等）在工具目录中同样可用，把上一阶段的产物文件作为输入单独补跑即可。
GWAS 链路更进一步：QC、关联、注释等阶段本身就是独立的 stage 工具，可单独重跑某一阶段（见 GWAS 全链路）。