同源基因与基因家族
同源基因鉴定、基因家族分析与共线性分析是植物比较基因组学的常用流程。平台把它们封装成工具目录里的一键流程工具：一次填好物种序列与注释，平台自动串起多步任务链，中间文件自动衔接（见 手动模式）。
同源基因鉴定：3 种方式
| 方式 | 工具 | 原理 | 适用场景 |
|---|---|---|---|
| 一键流程 | homolog_one_step | 自动串起序列搜索 + RBH/cRBH + OrthoFinder 直系同源组 + MCScanX 共线性 | 想一次拿到全套同源关系与共线性证据 |
| RBH 双命中 | homolog_rbh | 两个物种互为最佳命中（BLAST/DIAMOND），cRBH 增加次优约束 | 双物种、快速直接地拿直系同源对 |
| orthogroup 直系同源组 | homolog_orthogroup | OrthoFinder 多物种聚类推断直系/旁系同源组 | 3 个及以上物种的系统比较 |
输入与产出
| 方式 | 输入 | 产出 |
|---|---|---|
| RBH | 两个物种的蛋白 FASTA；e-value / 覆盖度阈值；可选 cRBH alpha | orthologs.tsv（同源对）、rbh_detail.tsv（双向命中明细）、rbh_scatter.png（e-value 散点图）、summary.json |
| orthogroup | ≥2 个物种的蛋白 FASTA（文件名作为物种名）；可选物种树 Newick（-s） | orthogroups.tsv（长表）、orthogroups_wide.tsv（物种 × 组矩阵）、单拷贝基因集、OrthoFinder 结果目录 |
| 一键流程 | 各物种蛋白/CDS FASTA + 基因组 FASTA + GFF 注释（共线性步骤需要） | 上述 RBH + orthogroup 产出 + 物种间共线性区块 |
[截图整理中：homolog_one_step 的表单与结果文件清单]
基因家族分析：多阶段任务链
基因家族分析（如 WRKY、NBS-LRR 等家族的 members 鉴定与下游进化分析）以任务链形式执行，一次提交自动跑完各阶段：
输入准备 → 家族定义解析 → 候选搜索（HMM / 相似度搜索）
→ 结构域验证 → 异构体解析 → 成员确定
→ 蛋白性质分析 → 序列比对 → Motif 分析 → 进化树 → 汇总报告
- 输入：目标物种的蛋白 FASTA（必需）；家族定义（HMM profile、结构域组成或已知成员列表，视家族类型而定）；
- 结构域验证 stage：候选并集对全库 Pfam 运行 hmmscan —cut_ga；异形体代表按确定性规则链选择，E 值不做二次阈值；
- 产出：家族成员列表（含结构域验证结果）、蛋白性质表（分子量 / 等电点等）、多序列比对、Motif 图式、进化树图与汇总报告，按阶段子目录归档；
- 单阶段重跑：每个阶段也是独立的 stage 工具，指定已完成的阶段目录即可单独重跑某一步（如只重新画进化树），不必整条链重跑。
[截图整理中：基因家族任务链的阶段进度与 Motif / 进化树结果]
共线性分析（MCScanX）
共线性分析用于鉴定物种间（或物种内）的复制区块与基因组结构变异：
- 输入：两个（或多个）物种的 CDS/蛋白序列 + GFF 注释（一键流程会自动准备 MCScanX 所需的 .blast 与 .gff 输入）；
- 执行：全蛋白对全蛋白比对 → 按染色体位置配对 anchor → MCScanX 识别共线性区块；
- 产出：共线性区块文件（.collinearity，含配对基因与区块分类：直系 / 旁系）、anchor 配对表；可用于 Ka/Ks 计算（复制时间估计）与基因组进化叙述。
在 深度用例 的同源基因案例中，共线性常与 RBH / orthogroup 结果互相印证。共线性流程的 DupGen 默认参考为 B73v4-NCBI RefSeq 成对资源。
[截图整理中：物种间共线性圈图或点图]