RStudio 入口
RStudio 是平台独立可选的 R 执行栈：为 R 重度用户和需要交互式探索的统计与绘图场景准备的网页版 R 分析环境。它与手动路径、Agent 路径共享同一套工作区文件、任务与产物体系（见 使用路径），可按需启用。
自建 R 栈构成
平台维护三个版本化 R 容器，各司其职：
| 运行时 | 版本 | 定位 | 适用场景 |
|---|---|---|---|
| 主运行时 | R 4.6.1 / Bioc 3.23 | RStudio Server 主线，平台网页入口（/rstudio/）指向这里 | 通用 R 分析：统计建模、ggplot2 绘图、数据处理 内置 enrichment、DESeq2/edgeR、Seurat、CellChat 等常用栈 含 CMplot、fgsea、WGCNA 等兼容包 |
| bridge 容器 | R 4.5.3 / Bioc 3.22 | 兼容桥接线 | 依赖旧版 Bioconductor 的包（Signac / Seurat / chromVAR 等 scATAC 栈） 在 4.6.1 下不可用或行为变化时用这条线 |
| ArchR 容器 | R 4.4.1 / Bioc 3.19 | ArchR 专用线（ArchR 1.0.3） | 单细胞 ATAC 分析走 ArchR 流程的场景 |
怎么选：日常分析默认用主运行时；只有当某个包明确要求旧版 Bioc 依赖时才切到 bridge；跑 ArchR 流程时用 ArchR 容器。
[截图整理中：RStudio 会话选择运行时的界面]
创建与使用会话
- 从平台进入 RStudio 入口，选择所需运行时（默认主运行时）；
- 使用平台账号登录，浏览器中打开熟悉的 RStudio Server 界面（Console / Script / Environment / Files 四栏布局）；
- 工作区文件与任务产物在会话中可见，可直接读取；分析产物保存后可供后续任务引用；
- 长任务建议写成脚本运行并保留日志，而不是只在 Console 里交互执行。
[截图整理中：RStudio Server 会话主界面]
Agent 受控执行 R 脚本是什么体验
Agent 不是把 RStudio 变成聊天窗口，而是能在受控前提下协助你维护和执行 R 分析：
- 任务化执行：R 分析以平台任务形式提交运行，而非在对话里裸跑脚本；
- 日志可查：任务的 stdout/stderr 完整记录，Agent 可读取日志帮你定位报错（例如缺包、路径不对）；
- 结果回收：产物回到平台的产物清单，可预览、下载或作为下一步输入；
- 严格确认：Agent 更新或写入 R 脚本属于工作区文件操作，受工作区边界与会话权限约束（见 MCP 治理）；
- 包事实不靠猜：Agent 不能直接在 R 里探测环境，涉及包版本/可用性时会通过平台任务探测或让你在会话里运行
packageVersion()确认。
典型用法：让 Agent 起草一段绘图或统计脚本 → 你确认后由它在平台任务里执行 → Agent 读日志和产物，与你讨论调整参数，再迭代下一轮。
适合谁
- R 重度用户：已有成型的 R 工作流，希望平台数据直接在 R 里加工；
- 交互式统计与绘图：需要边跑边调的探索性数据分析，或出版级 ggplot 精修；
- 需要平台之外的 R 包：工具目录没覆盖的 R 包能力，可在会话中使用（bridge / ArchR 线解决版本兼容）；
- 与 Agent 协作的 R 用户：把重复的脚本维护、执行、日志排查交给 Agent，自己专注统计与生物学解读。
常见问题
该用哪个运行时？
拿不准就用主运行时（r4.6.1）。报错提示缺包且该包只发布在旧版 Bioconductor 时，换 bridge（r4.5.3）；跑 ArchR 流程换 ArchR 容器（r4.4.1）。
RStudio 里的产物怎么进平台？
保存在会话工作目录的文件可作为任务输入被引用；正式分析建议用平台任务执行，产物自动进入产物清单。
Agent 能替我装 R 包吗？
不能。Agent 只能在受控前提下执行已授权的 R 分析与脚本维护；缺包时它会告诉你包名与版本要求，由你在会话中安装或改用平台工具。
下一步
- 手动模式：工具目录的表单式分析。
- Agent 辅助模式：rstudio-analysis-runtime skill 的触发方式。
- 内置工作流：标准流程优先用内置工作流直提。