手动模式
手动模式是门槛最低的使用路径：无需命令行，也无需 Agent，你在「分析工具」页选工具、填表单、提交任务即可。
典型流程
工具目录 → 选工具 → 填参数 → 选文件 → 提交任务 → 查看日志 → 下载结果
1. 浏览工具目录
进入「分析工具」页，工具按领域分组：
- 基因组学：序列比对、变异检测、基因注释……
- 转录组学：差异表达、共表达、可变剪接……
- 表观组学：peak calling、甲基化分析、染色质可及性……
- 蛋白质组学：序列分析、结构预测、互作网络……
- 绘图与可视化：火山图、热图、富集气泡图、网络图……
- 数据库查询：跨库 ID 转换、基因功能注释、调控证据检索……
除了大量单步工具，目录里还有两类”多步”条目：
内置工作流（Native Workflows）
平台预置了 5 条原生多步工作流，把标准化流程的多个阶段打包成一次提交：
| 工作流 | 覆盖阶段 | 提交方式 |
|---|---|---|
| RNA-seq | QC → 去接头 → 比对 → 定量 → 差异 → 富集 | 工具目录直接提交 |
| ATAC-seq | QC → 比对 → 过滤 → peak calling →（可选 IDR / 差分） | 工具目录直接提交 |
| ChIP-seq | QC → 比对 → peak calling → 信号图 / 注释 / motif / GO-KEGG（可选） | 工具目录直接提交 |
| scRNA-seq | 定量 → QC 过滤 → 降维 → 聚类 | 工具目录直接提交 |
| GWAS | 意图审查 → QC → 亲缘关系 + PCA → 五模型关联 → 注释 / 绘图 → 报告交付 | 前端一页式表单提交 |
已验证的直接提交会展开为任务链：一次填写表单，平台自动按顺序生成父任务与各阶段子任务，在「任务」页可以看到整条链的进度。GWAS 走前端专用的一页式表单：一次填写、通过意图审查确认后同样生成整条任务链。
详见 内置工作流。
一键流程工具
基因家族分析、同源基因鉴定、共线性分析等也被封装为一键流程工具：一次填好物种序列与注释，平台自动串起搜索、鉴定、Motif、进化树等阶段。详见 同源基因与基因家族。
2. 打开工具详情，填写参数表单
点击工具进入详情页，命令行参数被渲染为可填写表单：
| 参数类型 | 表单控件 | 说明 |
|---|---|---|
| 文本 / 数值 | 输入框 | 可设默认值、范围校验 |
| 枚举 | 下拉选择 | 限定可选值 |
| 布尔 | 开关 / 勾选 | true / false |
| 文件 | 文件选择器 | 从已上传文件中选择 |
| 输出路径 | 自动填充 | 通常不需要手动改 |
- 必填项标记红色星号
*； - 鼠标悬停参数名可查看详细说明；
- 有范围或枚举时表单自动校验。
3. 选择输入文件
文件类参数从「文件管理」中选择：
- 上传：拖拽或点击上传，单文件上限 100GB，支持分片传输；
- 格式：FASTA、FASTQ、BAM/SAM、BED、GFF/GTF、VCF、CSV/TSV、TXT 等常见格式；
- 预览：上传后可在线预览文本类文件的前几行。
建议：先上传文件，再打开工具表单，文件选择器会自动列出已上传文件。
4. 提交任务并跟踪
填好参数点击「提交」。单步工具生成一个任务；内置工作流生成一条任务链（父任务 + 阶段子任务）。在「任务」页可以：
| 操作 | 说明 |
|---|---|
| 查看状态 | 排队 → 运行中 → 成功 / 失败（任务链按阶段逐个展示） |
| 查看实时日志 | 运行中实时滚动查看 stdout/stderr |
| 查看产物清单 | 任务完成后列出所有输出文件 |
| 下载产物 | 单文件下载或打包下载 |
| 预览结果 | 文本类 / 图片类产物在线预览 |
任务状态流转：排队 (queued) → 运行中 (running) → 成功 (success) / 失败 (failed)。失败任务查看错误日志定位原因，修改参数后重新提交。
5. 溯源与可复现
每个任务都记录：
- 参数快照：提交时的完整参数值，保证可复现；
- 执行日志：完整的 stdout/stderr；
- 产物清单：所有输出文件及其路径；
- 工具版本：记录使用的工具版本号。
Agent 提交的任务同样留下这些记录——任何路径产出的任务都可溯源。
与 Agent 的关系
手动模式调用的工具，与 Agent 经 MCP 调用的是同一套工具生态。区别在于：
| 维度 | 手动模式 | Agent 模式 |
|---|---|---|
| 操作方式 | 你选工具、填参数 | Agent 自动选工具、编排参数 |
| 适用场景 | 单工具调用、精确控制 | 多步骤编排、探索性分析 |
| 学习成本 | 低（表单引导） | 会写自然语言指令即可 |
手动不方便时，无缝切到 Agent 辅助模式。