MCP 治理
MCP（Model Context Protocol）治理层是 Agent 与平台之间的唯一通道：Agent 不直接调用后端函数，也不执行任意 shell，而是通过 MCP 工具访问平台能力。
核心理念
平台能力作为 MCP 工具暴露——带明确的权限范围、确认门控、schema 校验与结果大小控制。Agent 能干，但不失控。
三层权限分级
MCP 工具静态展开 56 个，按 read / write / file 分为三级：
| 层级 | 范围 | 典型工具 | 确认 |
|---|---|---|---|
| L1 只读（48 个） | 读取 | 工具 schema 数据库检索 基因 ID 映射 motif-to-TF 任务日志 结果 manifest checkpoint 决策卡诊断 | 否 |
| L2 受控写入（7 个） | 写入 | 提交平台动作 富集与绘图批处理 | 是（对话内确认） |
| 文件工具（1 个） | 文件 | R 脚本更新等 | 按会话权限 |
静态展开数是目录口径，不构成会话契约：工具可见性按会话权限动态确定，以会话 tools/list 实测为准。
* 数字为 2026-10-16 目录口径静态清点，非成功运行数量。
治理机制
| 机制 | 做什么 | 你能感受到什么 |
|---|---|---|
| schema 校验 | 每次调用前按工具 schema 校验参数 | Agent 填错参数会被拦截，不会带病执行 |
| 写确认门控 | L2 调用先征求用户同意；文件工具按会话权限 | 对话里出现确认请求，你点确认才真正提交 |
| Result Store 分页 | 大结果外置存储，分页引用返回 | 查大表不会撑爆对话上下文，Agent 按页读取 |
| 全量审计 | 记录用户、权限范围、确认状态与审计元数据 | 每次工具调用可回查，满足溯源要求 |
| checkpoint 决策卡诊断 | L1 只读工具读取任务的决策卡快照 | 多阶段任务的阶段决策上下文可回查，便于诊断 |
一次调用的链路
Agent 请求
→ MCP 会话上下文（绑定 user/session/scope）
→ 按权限可见性筛选工具
→ schema 校验
→ 写 → 确认门控；文件工具 → 会话权限
→ handler 执行
→ 结果过大 → Result Store 分页
→ 审计记录
审计记录存储在后端，可在任务详情与日志中查看。
双通道接入
平台为 MCP 客户端提供两条等价通道：
- compat 通道：
/api/mcp/*，早期兼容 transport； - official 通道：
/api/mcp-official/*，官方 MCP 协议 transport。
两者暴露同一套治理后的工具，按客户端兼容性选择即可。工作台内置的 Agent 已自动配置，无需手动接入。
安全模型
- Agent 不执行任意 shell 命令，所有平台访问都流经受治理的 MCP 工具；
- LLM 辅助的异常发现仅供参考，不会在没有证据的情况下自动阻断或放行；
- 工具可见性按权限范围控制——只读会话只能访问 L1 工具。
下一步
- Agent 辅助模式：确认门控在实际对话中的体验。
- 数据库与调控资源：L1 检索工具覆盖的数据资源。