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Plant Omics Agent 是一个人机协同的植物组学分析平台，提供两条使用路径：
- 手动提交：在分析工具目录里选工具、填参数、提交任务、查日志、下载结果；
- Agent 辅助：在 Agent 工作台用自然语言描述需求，Agent 在分级权限与写确认下受控地调用工具、查数据库、读任务日志，提交动作受确认门控与审计约束。
两条路径共享同一套工具、任务与结果管理——无论从哪条路径提交，任务都能在「任务」页追踪、查看日志并下载产物。
部署与访问
自建部署（Docker 一键启动）
git clone <repo-url> && cd plant_omics_agent
cp .env.runtime.secrets.example .env.runtime.secrets
# 编辑 .env.runtime.secrets：至少配置 DB_PASSWORD、JWT_SECRET_KEY 和一个 LLM API Key
./scripts/auto_start.sh
首次启动约 2-5 分钟。不需要 GPU：生信工具跑在本地容器里，LLM 调用走云端 API。
访问入口
| 入口 | 地址 | 说明 |
|---|---|---|
| Web UI | http://localhost:30080 | 本地部署默认入口 |
| 主平台 | https://omicsagent.xyz | 公网入口，经 Cloudflare 加速 |
| 中国大陆加速 | https://www-ai.u1289916.nyat.app:26572 | 国内更稳定，与主平台同一套服务 |
API 文档在 http://localhost:38000/docs。
首次登录
- 打开 Web UI 地址，进入登录页；
- 首次登录时系统引导你设置管理员账户密码；
- 登录后进入平台首页。
登录成功后进入平台首页，顶部导航可在「分析工具 / 数据库 / Agent 工作台 / 任务」四个人口间切换：
平台首页导览
登录后从首页可达四类核心入口：
| 入口 | 在这里做什么 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| 分析工具 | 浏览工具目录：单步工具、内置多步工作流、一键流程 | 已知道要跑什么分析 |
| 数据库 | 查询 19 个公共数据库与玉米等专用资源，结果可作为查询记录或文件产物留存 | 需要基因功能、调控、文献等证据 |
| Agent 工作台 | 用自然语言描述需求，让 Agent 查证据、提交任务、解读结果 | 探索性分析、不确定用哪个工具 |
| 任务 | 查看任务状态、实时日志、产物清单，下载结果 | 提交后的全流程追踪 |
路径一：手动提交，5 步跑通
- 上传数据：进入「文件管理」，上传输入文件（FASTQ/FASTA/表达矩阵等，支持拖拽）。
- 选工具：进入「分析工具」，按领域浏览或搜索工具，点击进入工具详情页。
- 填参数：命令行参数已渲染为表单，必填项有星号标记，文件参数从已上传文件中选择。
- 提交任务：点击提交，任务进入队列；到「任务」页可看到状态流转与实时日志。
- 下载结果：任务完成后查看产物清单，在线预览或下载。
详见 手动模式。
路径二：Agent 辅助，6 步跑通
- 进入 Agent 工作台：从首页导航打开 Agent Workbench。
- 准备数据：把要分析的文件上传到平台（Agent 会引用工作区与任务产物文件）。
- 描述需求：例如「对这份表达矩阵做差异分析，FDR < 0.05，并对显著基因做 GO 富集」。
- 审阅方案：Agent 会检索可用工具、给出执行思路；你也可以追问让它解释选型理由。
- 确认提交：涉及提交任务等写操作（L2）时，Agent 会请求你确认后再执行。
- 读取结果：Agent 汇报任务状态与产物位置，也可让它直接解读结果。
[截图整理中：一次包含任务提交确认的 Agent 对话]
详见 Agent 辅助模式。
常见启动问题
| 症状 | 排查 |
|---|---|
| 端口占用 | ss -lntp | grep -E '30080|38000'，修改 docker-compose.yml 端口映射 |
| 数据库连接失败 | 确认 DB_PASSWORD 已设置且 MySQL 8.0 容器已启动：docker compose ps |
| LLM 调用报错 | 确认 API Key 有效且余额充足；国内访问 OpenAI 需代理 |
| 页面空白 | 硬刷新 Ctrl+Shift+R；查看浏览器控制台错误 |
更多问题见 常见问题。