深度用例

本页给出 5 个端到端案例，覆盖平台的两条使用路径：手动提交与 Agent 辅助。每个案例按目标 / 输入 / 操作路径 / 产出展开，可直接照做。

案例一：候选基因证据整合（Agent 辅助）

目标：拿到一份候选基因（或 DEG、motif）表，系统整理每个候选的转录因子调控证据。

输入：候选基因 / DEG / motif 表（CSV/TSV，含基因 ID 或符号列），上传到平台。

操作路径：

1. 打开 Agent 工作台，描述需求：“这份候选基因表，帮我整理每个基因的 TF 调控证据”；
2. Agent 解析表格并核对基因身份（gene-identity-gate），用 gene_id_mapper 统一 ID；
3. 跨库检索 MaizeGDB、JASPAR、PlantRegMap；
4. motif_to_tf_mapping 把 motif 关联到转录因子（走 CIS-BP / JASPAR 2026）；
5. 需要可视化时，Agent 请求确认后提交绘图 / 富集任务。

产出：整合证据表（基因 × TF × 证据来源），可保存为查询记录或文件产物供下游分析引用。

[截图整理中：候选基因证据整合的 Agent 对话与结果表]

适合场景：想知道”哪些 TF 调控我的候选基因”，手动逐库查太慢，Agent 一次编排完成，且每次调用都有审计。

案例二：RNA-seq 原生工作流直提（手动）

目标：从 FASTQ 原始数据一次跑完 RNA-seq 标准分析，得到差异基因与富集结果。

输入：各样本 FASTQ 文件 + 样本元数据表（样本名、分组）。

操作路径：

1. 「文件管理」上传全部 FASTQ；
2. 「分析工具」打开 RNA-seq 工作流，表单中选样本、参考基因组、分组与比较、阈值；
3. 提交，生成任务链：QC → 去接头 → 比对 → 定量 → 差异 → 富集；
4. 在「任务」页观察各阶段进度，点开日志确认 QC 与比对率正常。

产出：MultiQC 报告、表达矩阵、差异基因表（padj / log2FC）、火山图与 MA 图、GO/KEGG 富集表与图。

完整步骤见 内置工作流 的端到端走查。

案例三：GWAS 一页式表单提交（手动）

目标：对群体材料做全基因组关联分析，定位与目标表型关联的位点与候选基因。

输入：基因型文件（VCF 单文件或 PLINK BED 三件套）、表型表（样本 × 性状值）。

操作路径：

1. 上传基因型与表型文件；
2. 「分析工具」打开 GWAS 工作流，在一页式表单中选择基因型文件、表型文件、性状列（下拉可选）与参考版本（B73 v4 / v5 / Others）；
3. 提交前通过意图审查：核验所选文件与参考版本档位匹配后确认；
4. 链路自动执行：QC（缺失率 / MAF / 样本）→ 亲缘关系 + PCA → 五模型一次提交（GEMMA LMM/LM + rMVP GLM/MLM/FarmCPU）→ 显著性梯度分档 → SnpEff 效应注释 → CMplot 出版级绘图；
5. 需要时对候选基因做同版本地基因注释与 GO/KEGG 富集（B73v4/v5 双背景）。

产出：QC 指标、五模型关联统计表、SnpEff 效应注释、出版级曼哈顿图 / QQ 图、显著性梯度分档表、自包含 HTML 汇总报告与项目交付 ZIP。

真实数据端到端验证两次（运行规模事实）：全基因组重跑约 88 分钟；五模型全部完成，各模型有效 P 行 2,421,381；交付包含 234 个文件、约 458MB。

详见 GWAS 全链路。

案例四：同源基因鉴定（手动一键流程）

目标：鉴定两个（或多个）物种间的直系同源基因，为跨物种基因功能迁移做铺垫。

输入：各物种的蛋白 FASTA（orthogroup 方式需 ≥2 个物种；一键流程另需 CDS/基因组与 GFF 注释做共线性）。

操作路径：

1. 上传各物种的 FASTA 与注释文件；
2. 在工具目录选择鉴定方式并填参数：
   • homolog_rbh：双物种 RBH/cRBH 互最佳命中，快而直接；
   • homolog_orthogroup：OrthoFinder 推断直系同源组，适合多物种；
   • homolog_one_step：一键串起 BLAST + RBH + orthogroup + 共线性；
3. 提交任务（或任务链），等待完成。

产出：orthologs.tsv（直系同源对）、rbh_detail.tsv 与散点图、orthogroups.tsv 与物种 × 组矩阵、共线性区块文件。

详见 同源基因与基因家族。

案例五：结果报告与交付（各工作流通用）

目标：分析跑完之后，直接拿到能存档、能分享、能进论文写作流程的报告与交付包。

输入：任意一次 RNA-seq / ChIP-seq / GWAS 等工作流任务。

操作路径：

1. 任务完成后在产物清单打开自包含 HTML 报告：单文件、浏览器直接打开，汇总各阶段指标、图表与分档结果；
2. 下载项目交付 ZIP：统计表、图形、日志与中间文件统一打包，解压即用；
3. 富集类结果配有出版级图形（气泡图 / 点图等），可直接用于组会汇报与论文插图。

产出：自包含 HTML 报告、项目交付 ZIP、富集 dotplot 等出版级图形。

更多场景

以上 5 个案例覆盖证据整合、转录组、遗传定位、结果交付与进化比较。平台的 132 个前端目录入口还可灵活组合出更多场景：ATAC-seq / ChIP-seq 表观分析、单细胞下游、WGCNA 调控网络、科学绘图与富集等。入口选择见 使用路径。

* 数字为 2026-10-16 目录口径静态清点，非成功运行数量。