数据库与调控资源
植物组学数据库与调控资源是 Plant Omics Agent 区别于通用 Agent 平台的重要特色：19 个公共数据库经统一工具暴露给手动用户与 Agent，查询结果可留存为查询记录或文件产物，供后续分析引用。
19 个公共数据库
通用参考与序列
| 数据库 | 典型用途 |
|---|---|
| UniProt | 蛋白功能注释 |
| NCBI（PubMed / Gene / Protein / BLAST） | 序列与文献检索 |
| KEGG | 通路与代谢 |
| Ensembl（含 Ensembl Plants 工作台） | 基因组注释与 ID |
| AlphaFold DB | 蛋白结构预测 |
转录因子与顺式调控
| 数据库 | 典型用途 |
|---|---|
| JASPAR（2026） | TF 结合 motif |
| PlantPAN 5.0 | 植物启动子与顺式元件 |
| PlantTFDB | 植物 TF 家族注释（legacy 本地玉米） |
| PlantRegMap | 植物调控映射 |
调控证据与公共数据
| 数据库 | 典型用途 |
|---|---|
| ChIP-Hub | ChIP-seq 调控证据 |
| Expression Atlas | 表达图谱与样本元数据 |
| PTMSite | 玉米磷酸化位点证据 |
| 公共 RNA/ATAC/ChIP-seq 目录 | ENA 检索 + 本地宽缓存，按 run 级取公共数据 |
玉米专属
| 数据库 | 典型用途 |
|---|---|
| MaizeGDB | 玉米基因、版本与注释查询 |
玉米 TF/motif 证据供应链
玉米转录因子与 motif 证据由一条版本化的供应链支撑：GRASSIUS 2.0 主清单、iTAK v2、CIS-BP 3.10 motif、JASPAR 2026、PlantPAN 5.0、Huo2025 mGRN、Galli2025 DAP。motif_to_tf_mapping 等工具的 motif→TF 映射现走 CIS-BP 3.10 与 JASPAR 2026 物化矩阵。
资源退场治理
资源目录做版本化管理，上游失效即退场：2026-09 退场 5 库（KnockTF / ATTED-II / MaizeNetome / RiceENCODE / Wheat-RegNet，上游失效），同时 PlantPAN 升 5.0 真实查询。
怎么查库：3 种方式
方式一：数据库页自然语言查库
进入平台的「数据库」页，直接用自然语言描述查询需求，例如：
“查一下玉米 Zm00001d000001 在 JASPAR 里的结合 motif 和 MaizeGDB 里的基因注释。”
平台解析你的描述并跨库检索，返回结构化结果——不需要你先搞清楚每个库的检索界面。
方式二：让 Agent 查
在 Agent 工作台里用对话查库，Agent 会调用 search_bio_database(s)、gene_id_mapper、motif_to_tf_mapping 等只读工具（L1，免确认），并把多个来源的结果整合成一份证据表；motif→TF 映射走 CIS-BP 3.10 / JASPAR 2026。
方式三：工具表单查询
部分数据库查询也封装成了工具目录里的查询工具，像普通工具一样填参数提交，适合需要批量、可复现查询的场景。
查询结果与记录留存
查询结果不只是”看一眼”：
- 查询结果可以保存为查询记录或文件产物；
- 保存后的结果出现在工作区或任务产物清单中，可被后续任务作为文件输入引用；
- 记录保留来源库与查询上下文，保证下游分析的证据可溯源。
这使”查证据 → 做分析”形成闭环：例如查到的靶基因列表可以直接喂给富集分析工具。
一个查询闭环示例
给定一份候选基因表
→ 解析基因表、统一 ID（gene_id_mapper）
→ 查 JASPAR 2026 / PlantRegMap / MaizeGDB
→ motif_to_tf_mapping 把 motif 关联到 TF（CIS-BP / JASPAR 2026）
→ 聚合为候选 TF 证据表
→ 保存为查询记录或文件产物，供下游任务引用
详见 深度用例中的候选基因证据整合案例。
[截图整理中：查询结果与任务产物记录界面]
* 数字为 2026-10-16 目录口径静态清点，非成功运行数量。