使用路径
Plant Omics Agent 提供两条使用路径和三类入口。路径决定”你怎么干活”，入口决定”你在哪里干活”——两者可以按场景自由组合。
两条使用路径
| 路径 | 操作方式 | 适合 |
|---|---|---|
| 手动提交 | 工具目录选工具 → 填参数 → 提交任务 → 查日志 → 下载结果 | 知道要跑什么、要参数透明可控 |
| Agent 辅助 | 在 Agent 工作台用自然语言描述需求，Agent 在分级权限与写确认下受控地调用工具、查库、读日志 | 探索性分析、跨库证据、不确定工具 |
两条路径调用的是同一套工具与任务系统。手动提交的任务和 Agent 提交的任务都进入同一个「任务」页，日志、产物、参数快照的记录方式完全一致。
什么时候用手动提交
- 你已经知道要跑哪个工具：比如”就是要把这份表达矩阵跑 DESeq2”，直接选工具填参数最快；
- 需要参数透明可控：表单里每个参数都看得见、改得动，提交后参数快照可复现；
- 教学与演示：每一步（选工具 → 填参数 → 看日志）都清晰可见，适合向学生展示分析过程。
什么时候用 Agent 辅助
- 探索性分析：还不确定该用哪些工具、什么顺序，让 Agent 给出候选与思路；
- 跨库证据整合：需要同时查 MaizeGDB、PlantTFDB、JASPAR 等多个资源再汇总，Agent 一次编排完成；
- 不确定工具与参数：描述”我想做什么”，Agent 经 MCP 查询工具 schema 帮你选型、组装参数；
- 结果解读：把任务日志或结果表丢给 Agent，让它解释哪里显著、下一步该做什么。
Agent 不是自由执行：写操作（如提交任务）需要你确认（L2 门控），每次调用都进入审计。详见 MCP 治理。
三类入口
| 入口 | 位置 | 定位 |
|---|---|---|
| Manual Web UI | 平台首页 → 分析工具 / 数据库 / 任务 | 手动提交路径的主入口 |
| Agent Workbench（内置 Codex 运行时） | 平台首页 → Agent 工作台 | Agent 辅助路径的主入口 |
| RStudio | 平台 RStudio 入口（网页版 RStudio Server） | 独立可选的 R 执行栈（交互式 R 分析），见 RStudio 入口 |
什么时候用 RStudio
- R 重度用户：习惯在 R 里写脚本、装包、跑统计；
- 交互式统计与绘图：需要边跑边调的探索性数据分析，或使用平台工具目录没有覆盖的 R 包；
- 配合平台使用：RStudio 与平台共享工作区文件、任务与产物体系，Agent 也能在受控前提下协助维护和执行 R 脚本。
组合使用
实际分析中三者经常配合：先用 Agent 探索路线和整理证据 → 手动提交（或让 Agent 提交）正式分析任务 → 需要精细加工时切到 RStudio 做交互式绘图。所有任务、日志、产物始终在同一套体系里可追溯。
详细说明
- 手动模式：工具目录、参数表单与任务管理。
- Agent 辅助模式：工作台使用、平台 skills 与确认门控。
- RStudio 入口：自建 R 栈与会话使用。