手动提交
Manual Submission
通过 Web UI 直接选工具、填参数、提交任务。已验证的原生工作流（RNA-seq / ATAC-seq / ChIP-seq / scRNA-seq）可一键提交为任务链，GWAS 提供前端专用一页式表单；其余工具自动路由到 Agent 工作台。
工具目录 → 选工具 → 填参数 → 提交任务 → 查日志 → 下载结果
无需命令行，平台不依赖 Agent 也能工作
● 人机协作 · 能力路由与受控执行 · 可追溯 面向植物组学分析的人机协作
面向植物组学分析的人机协作
分析平台
手动 Web 工具与 Agent 工作台共用同一套工具、任务与结果管理；Agent 在分级权限、写确认与审计下调用平台能力，按需组织受支持的分析步骤——辅助分析，而非自由执行。* 数字为 2026-10-16 目录口径静态清点，非成功运行数量。
132前端目录入口
7直接验证入口
190注册 Actions
19公共数据库
使用方式
手动提交与 Agent 辅助，共享同一套平台能力
同一套工具目录、任务系统与结果存储支撑两条路径：手动提交适合目标明确的分析，Agent 辅助适合自然语言驱动的探索与解读；RStudio 作为独立可选的 R 执行栈，提供交互式 R 分析。
核心交互
Agent 辅助
Agent-Assisted
在 Agent Workbench 用自然语言分析。Agent 按技能指导与能力路由组织分析：先匹配任务相关技能（9 个平台 skills），再经四类能力路由（直接执行 / 适配后执行 / 需补充输入 / 需 Agent 探索）受控提交；读写分层权限、写操作确认与全量审计约束每一次调用。
提出植物问题 → 匹配平台 skill → 能力路由 → 实时 schema 校验 → 受控提交 → 解读真实产物
Agent 有平台上下文，辅助分析而非自由执行
为什么需要它
填补两类系统的共同空白
Web 平台把工具搬进了浏览器，却缺少有上下文的智能体协作；通用 LLM Agent 虽然灵活，却缺乏对领域工具与生物数据的结构化、可审计访问。Plant Omics Agent 把两者整合起来。
命令行门槛高
传统 Web 平台缺少有上下文的协作
手动 Web UI 把工具参数变成可填表单，无需命令行技能
通用 Agent 难以接入领域工具
通用 LLM Agent 缺乏对领域工具与生物数据的结构化、可审计访问
Agent 不跑任意 shell，只调用经 MCP 暴露的平台工具，带 schema 校验
执行不受监督
任意脚本不受监督地运行
读写分层权限（L1 只读 / L2 受控写 / 文件工具），写与文件操作需确认，全量审计
数据库分散
植物组学数据库与调控资源四处散落
19 个公共数据库（UniProt / KEGG / JASPAR / MaizeGDB …）经统一 MCP 工具检索
溯源丢失
无从得知输出由哪些参数产生
每个任务记录状态、日志、产物清单与参数快照，完整可复现
核心差异：一套共享的工具生态、任务系统与结果管理——既能手动调用，也能被 Agent 在分级权限与审计下受控调用。
工作原理
双层机制：Agent 编排一次分析，平台受控执行
上层是编排——Agent 如何组织一次分析：技能指导 + 能力路由；下层是治理——执行如何被约束：读写分层、写确认、结果分页与全量审计。
1
编排 · 研究者提出植物问题
在 Agent Workbench 用自然语言提出植物组学问题，会话绑定用户 / 项目 / session。
2
编排 · 匹配任务相关技能
9 个平台 skills（批量 RNA-seq、RStudio 运行时、论文写作等）为任务提供方法指导。
3
编排 · 能力路由四类
按能力目录判定当前请求：直接执行 / 适配后执行 / 需补充输入 / 需 Agent 探索。
4
编排 · 提交资格核验 + 实时 schema
提交前核验资格，拉取实时工具 schema 并校验输入。
5
编排 · 受控执行并读取真实产物
调用真实平台工具执行，读取真实产物而非转述。
6
编排 · 继续分析或交还研究者
继续下一步、核查证据，或把关键决定交还研究者。
7
治理 · 会话与权限上下文
后端为 Agent 项目动态写入 MCP config，绑定 permission scope 与写确认状态。
8
治理 · 按权限可见性筛选工具
read-only 会话只能访问 L1 读工具；子会话 profile 进一步限制工具集。
9
治理 · schema 校验 + 写确认
输入做 schema 校验；写 / 文件操作按会话权限门控。
10
治理 · Result Store 分页
大结果经 Result Store 分页返回，避免上下文溢出。
11
治理 · 全量审计
每次工具调用进入 MCP audit，含用户、权限范围、确认状态与审计元数据。
12
治理 · 可追溯回查
任务日志、参数快照与产物清单长期保留，任何一次分析都可回查与复现。
治理层：读写分层权限
L1 只读（48）
工具 schema、数据库检索、基因 ID 映射、motif-to-TF、任务日志、结果 manifest
无需确认 L2 受控写入（7）
提交动作 / 原生工作流，富集与绘图批处理
需确认 文件工具（1）
受工作区边界约束的文件访问
按会话权限MCP 接入提供 compat（/api/mcp/*）与 official（/api/mcp-official/*）双通道；静态展开口径为 56 个工具（只读 48、写 7、文件 1），运行时按会话权限动态可见。
典型用例
两条路径，四类真实场景
从手动提交工具任务与原生工作流，到 Agent 辅助的证据整合与 GWAS 一页式提交。
手动模式
数据库证据整合
给定候选基因 / DEG / motif 表格，经 MCP 查询 MaizeGDB / UniProt / KEGG / JASPAR / PlantRegMap，完成基因 ID 映射与 motif-to-TF 映射，汇总成一张证据表——全程审计。
- 统一 MCP 工具检索多个数据库
- 基因 ID 映射 + motif-to-TF（CIS-BP 3.10 / JASPAR 2026 供应链）
- 每次调用进入审计记录
Agent 辅助
自然语言驱动的探索分析
在 Agent Workbench 提出问题，Agent 经技能匹配与能力路由发现工具，检索数据库与工作区文件，确认后受控提交动作，并解读返回的真实产物。
- Agent 有平台上下文与数据感知
- 写操作经确认门控
- 大结果经 Result Store 分页
手动模式
RNA-seq 原生工作流直接提交
在表单中填写样本元数据与 reads，直接提交任务链（QC → trim → 比对 → 定量 → 差异 → 富集），在任务列表跟踪进度；收尾自动生成自包含 HTML 报告（分层写作模型 + 判断措辞守卫，结论强度与证据对齐），并打包项目交付 ZIP。
- 已验证工作流一键提交为任务链
- 任务状态 / 日志 / 产物全可见
- 自包含 HTML 报告 + 项目交付 ZIP
手动模式 · 前端专用表单
GWAS 全基因组关联分析
前端一页式表单：基因型 VCF 单文件或 PLINK BED 三件套 + 表型表，参考版本 B73 v4 / v5 / Others 三选，提交前经意图审查。五模型一次提交：GEMMA（LMM / LM）+ rMVP（GLM / MLM / FarmCPU）；QC + 亲缘关系矩阵 + PCA，显著性梯度多档阈值（由严到宽）；SnpEff 效应注释（B73 v5 默认，v3 显式可选）；CMplot 出版级曼哈顿 / QQ / 密度图；同版本地基因注释 + 可选 GO/KEGG 富集（B73v4 / v5 双背景）；自包含 HTML 汇总报告 + 项目交付 ZIP。
- 双出口探索：B1 只读画像 / B2 有界自动探索（预设预算上限，探索结果带校准状态诚实标注，未校准不宣称发现）
- 事后探索（posthoc）：对已有 GWAS 关联结果直接提交分档探索
- 真实数据端到端验证两次：全基因组重跑约 88 分钟；五模型全部完成，各模型有效 P 行 2,421,381，交付包含 234 个文件、约 458 MB
架构
四层结构：从入口到受控执行
每一层职责清晰、边界明确；手动与 Agent 两条路径共享同一套能力。
入口层
Manual Web UI · Agent Workbench（内置 Codex）· RStudio（独立可选 R 栈）
面向用户与 Agent 的入口：手动工具执行、Agent 自然语言交互；RStudio 提供交互式 R 分析。
编排与治理层（MCP）
技能指导 · 能力路由 · L1 读 · L2 受控写 · 文件工具 · Result Store · 审计
Agent 交互先经技能与能力路由组织，再流经受治理的 MCP 工具：注册、可见性、分级、确认、分页、审计。
生信能力层
132 前端目录入口 · 147 插件工具类 · 190 Actions · 19 公共数据库 · 33 绘图模板
共享的执行与资源基础——被手动 UI 与 Agent/MCP 共同复用。
执行底座
任务系统 · 容器化工具运行时 · R 栈（r4.6.1 / r4.5.3 / r4.4.1）
统一的任务、结果与溯源体系连接所有入口，保证可复现；原生工作流统一收尾：自包含 HTML 报告、出版级图形与项目交付包（ZIP）。
植物数据库与调控资源
让分析与 Agent 都扎根于生物学证据
19 个植物相关公共数据库与调控资源，经统一 MCP 工具暴露给 Agent 与手动用户，另提供自然语言查库入口。玉米 TF 与 motif 证据由版本化资源供应链支撑：GRASSIUS 2.0 主清单、iTAK v2、CIS-BP 3.10 motif 库、JASPAR 2026、PlantPAN 5.0，以及 Huo2025 mGRN、Galli2025 DAP 等发表证据集。资源目录版本化管理，不可用即退场：2026-09 起退场 5 个上游失效库，PlantPAN 升级 5.0 支持真实表单查询。
通用参考与序列
UniProtNCBI（PubMed / Gene / Protein / BLAST）KEGGEnsembl（含 Ensembl Plants 工作台）AlphaFold DB
转录因子与顺式调控
JASPAR（2026 版矩阵库）PlantPAN 5.0PlantTFDB（legacy 本地玉米）PlantRegMap
调控证据与公共数据
ChIP-HubExpression AtlasPTMSite（玉米磷酸化位点）公共 RNA/ATAC/ChIP-seq 目录（ENA + 本地宽缓存）
玉米专属
MaizeGDB（基因注释 / ID 转换 / 版本信息）
Agent / MCP 可调用工具
search_bio_database(s)gene_alias_resolvergene_id_mappertf_target_evidence_aggregationmotif_to_tf_mappingliterature_relation_extractionMaizeGDB ID / 版本 / 注释 生信能力领域
一套工具生态，覆盖主流植物组学方向
从测序数据处理到调控网络、进化、表观、GWAS 与可视化——重要的是这些能力在手动与 Agent 两条路径间共享，而不仅是数量。
RNA-seq
稳定FastQC/MultiQC, Trimmomatic/fastp, HISAT2/STAR, featureCounts/StringTie, Salmon/Kallisto, DESeq2, GO/KEGG, GSVA/fgsea
ATAC-seq
稳定FastQC, Trimmomatic, Bowtie2, SAMtools, MACS3, HOMER motif, TOBIAS, IDR, deepTools
ChIP / DAP-seq / Cut&Tag
扩展Bowtie2, MACS3, deepTools
单细胞
扩展Cell Ranger, Scanpy, scVelo, CellChat
富集与可视化
稳定33 个科学绘图模板（19 Python + 14 R）· 玉米 GO/KEGG 批量富集（B73v4 / v5 双背景）· eggNOG v5.0.2 内置注释库 · GSVA / fgsea
调控网络
扩展WGCNA, GENIE3, GRNBoost2, SCENIC/SCENIC+, ATAC2GRN
进化与共线性
扩展MAFFT, IQ-TREE, OrthoFinder, MCScanX, WGDI, MUMmer4, SyRI
表观与三维基因组
扩展Bismark, methylKit, HiC-Pro, ChIA-PET2
GWAS 与遗传
稳定GEMMA（LMM / LM）+ rMVP（GLM / MLM / FarmCPU）五模型一次提交 · QC + 亲缘关系矩阵 + PCA · 显著性梯度多档阈值 · SnpEff 效应注释（B73 v5 默认，v3 显式可选）· CMplot 出版级曼哈顿 / QQ / 密度图 · 本地注释 + 可选富集 · HTML 报告 + 交付 ZIP · posthoc 分档探索
评测与成熟度
能力成熟度三档评级
各领域如实标注：MCP 治理与受控执行是核心机制；RNA-seq / ATAC-seq / ChIP-seq / scRNA-seq 原生工作流可在前端直接提交，GWAS 提供专用一页式表单与 posthoc；共线性等扩展流程经 Agent 路由，处于早期阶段。评级为目录与运行验证口径，不等同于科学结论。
Strong
MCP 治理与受控执行
读写分层 · 写确认 · 全量审计
Medium-strong
原生工作流
RNA-seq / ATAC-seq / ChIP-seq / scRNA-seq 直提 · GWAS 一页式 + posthoc
Medium-strong
结果报告与交付
自包含 HTML 报告 · 出版级图形 · 项目交付包（ZIP）
Preliminary
扩展路由流程
共线性等 · 经 Agent 路由
Strong
数据库与检索
19 个公共库统一暴露 · 手动与 Agent 共用
技术栈
现代、可移植、容器化
前后端分离、Docker 一键部署，支持本地开发与 RStudio 交互分析（独立可选）。
前端
Vue 3, TypeScript, Vite, Element Plus, Pinia, IGV.js, Mermaid
Agent UI
内置 Codex Agent Workbench（iframe，经 MCP 桥接）
后端
Python 3.11, FastAPI, SQLAlchemy, Pydantic, LangChain
AI / LLM
Zhipu GLM, DeepSeek（OpenAI 兼容客户端）
智能体协议
MCP 1.27（Model Context Protocol）
R 运行时
RStudio Server r4.6.1 主线 · r4.5.3 bridge · r4.4.1 ArchR（独立可选），Agent 可受控执行 R 脚本
基础设施
Docker, Docker Compose, Nginx, MySQL 8.0
Docker 一键部署RStudio 集成移动端 (Capacitor APK)单文件上传至 100GB
深入了解
想看细节？进入指南站
落地页只讲概览。部署上手、两条使用路径的完整操作、MCP 治理、数据库查询，都在指南站里。
用手动提交或 Agent 辅助开始分析
现在就进入平台：提交一个工具任务、发起一次 GWAS 一页式提交，或在 Agent 工作台用一句自然语言开始分析。
两个入口指向同一套 Plant Omics Agent 平台，按网络情况选择即可