常见问题
部署与环境
Docker 部署失败怎么办？
- 确认 Docker 版本 ≥ 20.10，Docker Compose ≥ 2.0：
docker --version && docker compose version - 检查
.env.runtime.secrets是否已正确配置（DB_PASSWORD、JWT_SECRET_KEY、至少一个 LLM API Key） - 查看容器日志：
docker compose logs --tail=100 - 如果端口冲突（30080 / 38000），修改
docker-compose.yml中的端口映射
没有 GPU 能用吗？
可以。生信工具本身不依赖 GPU；LLM 调用走云端 API（智谱 / DeepSeek），不需要本地 GPU。
支持哪些操作系统？
Docker 部署支持 Linux、macOS、Windows（WSL2 推荐）。纯 Windows（非 WSL）未测试。
登录与账户
首次登录的默认账户是什么？
部署时系统自动创建管理员账户。首次访问 Web UI（http://localhost:30080）会引导你设置密码。详见部署日志中的初始账户信息。
忘记密码怎么办？
在服务器上重置：
docker compose exec app python manage.py reset-password <username>
网络与代理
国内访问主平台很慢怎么办？
使用中国大陆加速入口：https://www-ai.u1289916.nyat.app:26572（经 NATFRP 隧道）。两个入口指向同一套平台。
部署后外网无法访问？
- 确认防火墙放行了 30080 和 38000 端口
- 云服务器检查安全组规则
- 需要 HTTPS 时建议套 Cloudflare 或自行配置 Caddy/Nginx 反代
使用路径与入口
手动提交和 Agent 辅助有什么区别？
手动提交是你在工具目录选工具、填参数、提交任务；Agent 辅助是你在 Agent 工作台用自然语言描述需求，Agent 经 MCP 选工具、编排参数并受确认门控约束。两者调用同一套工具与任务系统。详见 使用路径。
GWAS 能像 RNA-seq 一样在表单里直接提交吗？
可以。GWAS 已产品化为工具目录里的一页式表单：选基因型（VCF 或 PLINK BED）与表型表、下拉选性状列、选参考版本（B73 v4 / v5 / Others），通过提交前意图审查后一次提交；五模型（GEMMA LMM/LM + rMVP GLM/MLM/FarmCPU）一次出结果，并交付 SnpEff 注释、出版级图形与自包含 HTML 报告。详见 GWAS 全链路。
RStudio 怎么进入？和手动分析是什么关系？
从平台的 RStudio 入口进入网页版 RStudio Server，使用平台账号登录。它和手动分析共享同一套工作区文件、任务与产物体系：你在 RStudio 里处理平台数据，产物同样可被平台任务引用；Agent 也能在受控前提下（文件工具按工作区边界与会话权限约束）协助维护和执行 R 脚本。详见 RStudio 入口。
内置工作流和普通工具有什么区别？
普通工具是单步操作（如一次差异分析），每步自己准备输入；内置工作流是多步链路（如 RNA-seq 的 QC→比对→定量→差异→富集），一次提交自动按序执行并自动衔接中间文件，在任务页呈现为一条任务链。详见 内置工作流。
MCP 与 Agent
什么是 MCP？
Model Context Protocol（MCP）是 Agent 调用工具的标准协议。平台能力以 MCP 工具形式暴露给 Agent，静态展开 56 个（只读 48 / 受控写 7 / 文件 1），运行时按会话可见性动态（以会话 tools/list 为准），并受分级权限管控。详见 MCP 治理。
MCP official 通道是什么？
平台为 MCP 客户端提供的官方协议接入通道，地址为 /api/mcp-official/*；此前的 /api/mcp/* 为 compat 兼容通道。两者暴露同一套治理后的工具，按客户端兼容性选择。Agent 工作台内置的 Agent 已自动配置，无需手动接入。
平台 skills 是什么？怎么触发？
skills 是预装给 Agent 的结构化操作手册（什么时候用、按什么步骤、产出什么格式），Agent 工作台内置 9 个：选型（platform-capability-planner）、提交（mcp-task-lifecycle）、读结果（task-results-reader）、RNA-seq 编排（bulk-rnaseq-analysis）、基因身份核对（gene-identity-gate）、RStudio 运行时（rstudio-analysis-runtime），以及 3 个论文润色 skill。你不需要手动调用——Agent 根据你的请求自动匹配触发。详见 Agent 辅助模式。
Agent 会乱提交任务吗？
不会。Agent 的写操作（L2）必须先在对话里向你展示将要执行的调用与参数，你确认后才真正提交；文件工具受工作区边界与会话权限约束；每次调用都进入审计。
数据与文件
单文件上传上限是多少？
100GB。平台采用分片上传，大文件传输可靠。
支持哪些文件格式？
常见生物信息学格式均支持：FASTA、FASTQ、BAM/SAM、BED、GFF/GTF、VCF、CSV/TSV、TXT 等。绘图工具还支持输入 PNG/SVG/PDF。
数据库查询支持自然语言吗？
支持。在平台「数据库」页直接用自然语言描述查询需求（如”查这个基因在 PlantTFDB 的家族和 JASPAR 里的 motif”），平台解析后跨库检索；查询结果可保存为查询记录或文件产物，供后续任务作为文件输入引用。详见 数据库与调控资源。
数据存储在哪里？
上传的文件和任务产物存储在平台服务端（Docker volume）。本地部署在本地磁盘，云部署在云盘。
LLM 配置
支持哪些 LLM？
| 提供商 | 模型 | 配置项 |
|---|---|---|
| 智谱 AI | GLM-4 系列 | ZHIPU_API_KEY |
| DeepSeek | DeepSeek-V3 / R1 | DEEPSEEK_API_KEY |
| OpenAI | GPT-4o 等 | OPENAI_API_KEY（可选） |
在 .env.runtime.secrets 中配置，至少填一个。
Agent 调用 LLM 报错？
- 确认 API Key 有效且余额充足
- 检查网络是否能访问对应 API 端点（国内服务器访问 OpenAI 可能需要代理）
- 查看 Agent 工作台的错误日志，通常会显示具体的 HTTP 状态码
其他
这个介绍页和主平台是什么关系？
本页（us.omicsagent.xyz）是纯静态介绍/文档站，不承载主平台功能。主平台入口在 omicsagent.xyz。
代码可以获取吗？
代码目前以研究用途提供，公开发布准备中；发布后会同步说明许可与获取方式。
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